Preventing overfitting in Mixed Integer Optimization based classification tree construction

The global use of azole antifungals as treatment against infections caused by <i>Candida</i> has led to an increase in azole resistance. The primal goal of this BSc thesis is to improve existing Mixed Integer Optimization models to classify azole resistance of <i>C. glabrata</i> more accurately by preventing overfitting. Moreover, these...

DNA Data Storage using Hamming and Reed-Solomon Codes: DNA Data Opslag met Hamming en Reed-Solomon Codes

Nowadays, enormous amounts of data are produced on a daily basis. Whether it is a cute family<br/>picture, a funny cat video, or a scientic paper, all of the data is stored. The challenge in data<br/>storage nowadays is about nding a way to store a lot of data, in such a way that it will stay<br/>preserved for many years without too much...

Familial searching in DNA databases

We start our introduction to DNA matching with the direct match case: we find DNA at a crime scene and find a direct match with a member of our database. To measure the strength of our case against the match, we use likelihoodratios. We differentiate between two different situations: the probable cause case, where we already suspect our match and...

Low-Cost Smith-Waterman Acceleration

Due to advancing technology, genetic sequencing has become cheaper over the years. This has caused the demand for computational power to grow even faster than Moore's law. To remedy this problem, we analyzed low-cost hardware solutions to parallelize the computational part of the genetic sequencing. We proposed a novel method for calculating the...

DNA translocation: The effect of excluded volume interaction

Het sturen van DNA door een klein gaatje in een kunstmatig membraan biedt mogelijkheden voor het aflezen van een DNA streng. Tijdens dit proces beweegt de streng zich in een vloeistof, waardoor allerlei fysische effecten een rol gaan spelen. De krachten die op de streng werken zorgen ervoor dat de DNA streng zich van de ene kant van het membraan...

Translocatie van homogene polymeren door een nanoporie

Translocatie van een ketting met verschillende kraaltjes door een zeer kleine porie kan gebruikt worden als een eerste stap voor het modelleren van het transport van DNA door een membraan. Dit translocatieproces biedt een groot aantal kansen in chemische en biologische processen, zoals het snel kunnen afezen van DNA. Het translocatieproces wordt...

Multimodal Interface for DNA Alignment of Sequences

Major research efforts in Bioinformatics include sequence alignment, gene finding, genome assembly, protein structure alignment, protein structure prediction, prediction of gene expression and protein-protein interactions, and the modeling of evolution. To perform these specific tasks different tools are used. Using these tools separately is a...