Voor het begrijpen van de oppervlaktewaterpeil-grondwater relatie en het bepalen van de uitstraling van peilverandering of deklaagvergraving van het Markermeer op zijn omgeving is een beter inzicht nodig over de opbouw van de ondiepe ondergrond en de variaties in de doorlatendheid (viz. hydraulische weerstand) van de deklaag. De onder de Holocene (veenklei) deklaag gelegen goed doorlatende zanden van de Formatie van Krefteneheye spelen een belangrijke rol bij dit proces. Uit het stijghoogten onderzoek waarbij gebruik is gemaakt van alle meetpunten rond het Markermeer blijkt dat bijna overal wegzijging (infiltratie) plaatsvindt. Alleen op de plaats waar het Markermeer grenst aan de Utrechtse Heuvelrug (Naarden-Muiderberg) zal langs de oevers (dijkse) kwel optreden. Deze hoeveelheid zal een marginale invloed hebben op de waterbalans van het Markermeer. Het is onbekend hoe deze afzettingen van de Utrechtse Heuvelrug zich onder het Markermeer voortzetten en of deze voor kortsluiting wegzijgingsstroming naar bijvoorbeeld de Flevopolder kan leiden.