De waterhuishouding van Nederland is onderhevig aan sterk veranderende inzichten. Als gevolg van klimaatveranderingen en bodemdaling, veranderde wensen vanuit de samenleving en de aandacht voor natuur en milieu staat voor waterbeheerders het peilbeheer volop in de aandacht. De manier waarop het waterpeil in onze meren, plassen en wetlands wordt beheerd heeft grote betekenis voor het functioneren van het ecosysteem. In dit kennisoverzicht wordt het peilbeheer vanuit verschillende invalshoeken belicht. In Nederland wordt het peil in sterke mate bepaald door de inrichting van watersystemen. Op hoofdlijnen kunnen er drie regio’s worden onderscheiden: het rivierengebied, het laag-Nederlandse poldergebied, en hoog Nederland. Door de vele functies van de watersystemen zijn deze steeds verder ‘ingesnoerd’ en is de ruimte voor natuurlijke peilen beperkt. Eén van de kernvragen in het huidige waterbeheer is hoe meer ruimte aan het water kan worden geboden middels het vasthouden van water in bovenstroomse gebieden, creëren van ruimte voor waterberging, en vergroting van afvoermogelijkheden. Bijkomende vraag is, of de ecologische toestand van het water hiervan kan profiteren. De veronderstelling is dat natuurlijke processen gestimuleerd worden als het water meer vrijheid wordt gegeven. Peilbeheer is een stuurknop voor het ecosysteem van meren en plassen, naast nutriëntenreductie en visstandbeheer. Bepaalde peilveranderingen kunnen waarschijnlijk de omslag van troebel naar helder water bewerkstelligen, mits de nutriëntenbelasting tot een matig niveau is teruggebracht. Ook moeten de ecologische effecten van het peilbeheer steeds in relatie gezien worden tot de morfologie (inrichtingsmaatregelen) en het visstandbeheer. Er is een sterke relatie tussen de biodiversiteit van meren en het peilverloop. Dit komt vooral doordat het peilregime de diversiteit aan habitats en de voedselbeschikbaarheid beïnvloedt. Veranderingen van het peil kunnen zowel positieve als negatieve gevolgen hebben op bestaande natuurwaarden (bijvoorbeeld de internationale betekenis van gebieden voor watervogels). Voor oeverbeheerders is het peilbeheer een zeer belangrijk gegeven. Het peil heeft een directe invloed op de vorm en stabiliteit van oevers, maar ook indirect, omdat het de staat van de oeverbegroeiing kan bepalen. Een meer natuurlijk peilverloop heeft dan ook consequenties voor aanleg, beheer en onderhoud van oevers en oeverconstructies. Voor de ontwikkeling van oever- en moerasvegetatie is het waterpeil van cruciaal belang. Een natuurlijker peilverloop bevordert de uitbreiding en verjonging van moerasvegetatie, vooral door lage waterstanden in de zomer. Wel moet bij het op gang brengen van moerasontwikkeling rekening gehouden worden met abiotische- (bodemtype, zoutgehalte) en biotische- (watervogels, vee) omstandigheden. Aan de peildynamiek in zoute en brakke wateren is een apart hoofdstuk gewijd. Dit type wateren wijkt op een aantal punten af van het zoete water. Peilbeheer is vooral van invloed op fluctuaties in het zoutgehalte, die weer bepalend zijn voor de levensgemeenschappen van dit type systeem. De negatieve consequenties van de berging van zoet water in zoute en brakke gebieden zijn in het bijzonder van belang.