Om tot een structuur voor HADES te komen is er eerst een studie gedaan naar de variabelen waar bij het ontwerp van de natte infrastructuur rekening mee moet worden gehouden. De verschillende variabelen zijn in veel gevallen afhankelijk van elkaar. De dimensies van een variabele kunnen dan niet bepaald worden, wanneer de dimensies van een andere variabele niet bekend zijn. Het ontwerpproces zal binnen HADES op twee manieren verbeterd worden. Ten eerste wordt getracht het eerste ontwerp te verbeteren, zodat er in deze ontwerpfase minder iteraties plaats hoeven te hebben. Ten tweede worden de controleberekeningen nauwkeuriger uitgevoerd, zodat in vervolgfasen het aantal iteraties beperkt kan blijven. Het eerste ontwerp zal verbeterd worden door het ontwerp stap voor stap volgens een vast stramien in het systeem in te voeren. Met het overzicht van de afhankelijkheden is hiervoor een optimale volgorde bedacht, waarbij er geen variabele afhankelijk is van een later te bepalen variabele. Het stappenplan bij het gebruik van HADES is nu de volgende: Er wordt begonnen met het invoeren van de randvoorwaarden, de eisen en de criteria. Hiema wordt een eerder bedacht oplossingsprincipe stap voor stap in het systeem ingevoerd. Hierbij wordt gebruik gemaakt van vuistregels die in het HADES-systeem zijn opgenomen. Direct aansluitend wordt gecontroleerd of alle afhankelijkheden daadwerkelijk in het ontwerp zijn opgenomen. Hiema komt de gebruiker op een centrale plaats binnen het HADES-systeem van waaruit hij de verschillende nieuw te ontwikkelen controletools op kan starten. Na het controleren van het ontwerp op een bepaald aspect (kosten, golfindringing, sedimenttransport, nautiek, capaciteit, diepte) wordt teruggekoppeld naar de centrale plaats.