Het microfytobenthos bestaat uit de microscopisch kleine plantjes (algen) die op en in de bovenste centimeters van de bodem leven. In de Westerschelde vormen deze organismen een belangrijk onderdeel van het ecosysteem en komen vooral op de bij laagwater droogvallende platen en slikken voor. Door De Jong et al. (1997) wordt verwacht dat de totale jaarproductie van het microfytobenthos van 5 tot 20% zal toenemen in de Westerschelde als gevolg van de verruiming in 1996. Deze hypothese is gebaseerd op de aanname dat er een relatie bestaat tussen het type ecotoop en de primaire productie door het microfytobenthos op een bepaalde locatie. De primaire productie is vooral afhankelijk van de biomassa microfytobenthos die per oppervlakte eenheid in de bodem zit en de lichtcondities. In de troebele Westerschelde zijn de lichtcondities sterk gerelateerd aan de droogvalduur en dus hoogteligging. Volgens de trendanalyse zijn de gemiddelde productie-gegevens voor de verruiming: oost, midden, west respectievelijk: 1878, 1905 en 4791 kg C/jaar. Na de verruiming is er een significante toename waarneembaar in oost en midden. In west is er geen significante toename waarneembaar. Er is geen reden om aan te nemen dat de geprognosticeerde waarden voor 2021 niet worden gehaald. De hypothese van De Jong et al. zal dan ook niet verworpen worden.